就在撤军的路上，辽王开始考虑明军从天山撤退的初步善后问题，派人火速通知西域诸将到迪化城商议善后方案，让经营南疆的郭英和朱大能撤军。
辽王还是担心朱大能孤军深入，一时吃不下南疆那么大的地盘，反而陷入南疆泥潭。
尽管辽王每次征战，尽量把出彩的机会留给朱大能，但是朱大能总是有些让他的小心脏受不了。
在经过故唐西海旧城和吉祥城的时候，宋瑛的步兵团配属一个迫击炮连留了下来，就地驻守，卡住帖木儿军从伊犁进犯北疆的咽喉通道，掩护大军撤退。
二月二十六日，辽王带着警卫连先行回到迪化城。
此时魏国公徐允恭、开国公常升等人已经奉旨回京，都督宋晟奉旨以甘肃总兵官的身份节制天山南北诸路兵马。
北路军的薛台等人，南路军的朱大能、火真和两位羽林卫指挥使，都还在后面。只有郭英、宋晟、宋忠、李坚、袁宇、薛等将领匆匆赶到了迪化。
事起突然，辽王也无暇和诸将商议，果断宣布了撤军方案。
郭英和李坚带来的京军，袁宇带来的晋王护卫，薛带来的燕王护卫，先行撤离天山，各回原防本卫。
辽东军原来人员，除留下郭骥的步兵第一团和宋瑛步兵第三团，驻守天山南北外，其余人马撤回辽东。
宋忠带来的肃州中护卫还剩下四千来人，暂时留在庭州配合后期屯田，等内地移民到达后再撤离天山。
编入火真骑兵第一团的西安中护卫骑兵，撤到哈密后连同西安左护卫一起，撤回西安，向秦王复命。
辽东军在河西和天山扩编的人员还剩下三千来人，都交给宋晟，加上宋晟新带来的三千河西步兵，总共六千来人，组成留守兵团，分驻迪化、吐鲁番和哈密三地屯守。
宋晟小心翼翼地问道：“殿下，如此一来，留守西域人马估计只有一万三千人左右，也就是两卫兵马，恐怕势单力薄，独木难支啊。”
辽王说道：
“都督放心，撇开朱大能南征斩获不说，帖木儿汗国前后损兵折将十余万，应该没有胆量再和大明叫板。”
“万一遇到帖木儿大举进犯，你就通过仆固义、安克帖木儿等当地部落首领，按照与明军一比一或一比二的比例人数，就地招募义勇，进行协防。回朝之后，我会向朝廷申请为仆固义、安克帖木儿二人封王。二人必将效忠大明。”
“我再让薛台骑兵第四团和背嵬军的部分火枪留给你们。戚祥和整个炮兵团暂时留在迪化，指导河西军训练炮兵，待河西军熟练掌握大炮操作要领后，再让炮兵人员回辽东归建。”
听说辽王要把整个炮兵团的装备都留给他，刚刚恢复甘肃总兵官之职的宋晟激动热泪盈眶。
安排好人员，辽王又提出一个分配处理缴获物资的初步方案。
辽王首先让郭英给应天的老朱送去六千匹战马和五十万两白银。
郭英带领的六千羽林卫骑兵损失过半，李坚带的府军卫步兵在坚守巴里城时也损失一千多人马。
关键是，京军的出动代表着朝廷的支持，政治意义重大，至少代表了老朱对自己私自出兵西域行为的追认，免去后续政治上的无尽麻烦。
辽王又提议，秦府西安中护卫骑兵几乎损失殆尽，补偿十万两白银、六千匹战马、三千把波斯弯刀和三千张弓；燕、晋二王骑兵损失一半人马，补偿相应减半。
当时，大明对将士伤亡标准抚恤极低，士兵阵亡后抚恤金只有二到五两，千户不过八两，受伤致残的则一两没有。
所以辽王特意交代宋晟：“无论是内地汉卒，还是从关西六卫和西域各部所募番兵，凡为大明征战中阵亡或致残，除按大明将士伤亡标准抚恤外，另加恤五到二十两白银，或折算成相应牲畜……”
此次西征，辽东出力最大，前后出动近七千人，伤亡近两千人。辽王只要了三万两金子和两千头骡子，算是对阵亡和致死将士的抚恤。其实回到辽东后，他还得自掏腰包，进行补贴。因为辽东军抚恤标准要比这高得多。
这样一来，大家都觉得辽东要的太少了。
辽王只好又要了一万多把损坏的波斯弯刀和六千多个帖木儿军的俘虏作为战利品。
辽王觉得，前者可以拿回去重新锻造兵器，后者在辽东工地上挖土、烧砖，大有作为，都可以变废为宝。
大家以为辽王是不好意思，于是劝道：“辽王殿下太谦虚了，专挑大家看不上的东西。那我们也不敢要了。”
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