孙可望的意思很快就传回永历朝廷中，丁魁楚和瞿式耜一听便知这是孙可望反对天子还都。
永历心中也不信，但还是有那么一丝的幻想，对着丁瞿二人说道：“朕虽薄德，但亦非残暴之君，若是周王奉诏，朕必待之以诚。”
丁魁楚以己度人，便是连喝三斤米酒，也不敢这般幻想，孟浚会抛弃基业，转而跑到孙可望手底下当囚犯？
瞿式耜摇摇头，对永历帝说道：“陛下，正所谓君子不立危墙之下，昆明远隔千里，路途遥远，况且云贵之地，皆为秦王所辖，周王岂会前来，这诏书，不可发，发之则伤朝廷威望。”
永历帝暗自垂泪，泣道：“秦王不愿朕还复南都，那朕也愿移驻长沙，离中原更近一些！”
丁魁楚当即回道：“去长沙也是脱离秦王控制，况秦晋二王已有间隙，秦王绝不会同意朝廷移陛长沙！”
君臣商议许久，皆认为诏令不可发，孟浚绝不可能奉诏，反而会对本就威望不高的永历帝，更是一个打击。
而随着永历朝廷拒绝发布诏令，孙可望大怒，命人逼迫永历发诏，但被张镌当庭怒骂，孙可望虽不愿永历离开昆明，但对诸多朝臣却也是愈发不满。
孙可望于昆明，征发民工，开始营造宫殿，设立五府六部三衙门，分封文武百官，又命令云南，贵州，广西三省的文臣武将，克期到秦王府朝见。
同时还建立太庙和社稷，制订朝仪，名义上是建立大明朝廷的秩序，实则是加紧了篡位的步伐，表示忠于孙可望之人被大力提拔，不愿臣服者，皆被贬斥，这些举动，无不令永历君臣感到不安。
永历帝慑于孙可望势力，日夜不安，半夜不时惊慌而起，犹恐大兵冲入殿中，届时一壶鸩酒，便让自己无声无息的消失。
永历为摆脱控制，逃离昆明，与吴贞毓，李元开，胡士端，蒋干昌等十余名朝臣密谋借助尚在长沙的李定国，令其回师，逼迫孙可望释放天子离开。
吴贞毓，李元开等人精心策划，拟定密诏，私铸屏翰亲臣金印，遣密使急赴长沙密诏李定国回师。
永历三年，六月十八日，密使抵达长沙，将天子密诏交于李定国。
诏书：\"朕自即位以来，夙夜忧勤，然命运多舛，举步维艰，秦王擅权昆明，逼凌天子，鞭笞群臣，营建宫阙，自立朝纲，分封文武，号令西南，觊觎神器，妄图逆篡。
此心已昭然若揭，朕寝食难安，日夜惶恐，每至深夜，皆惧大兵突袭，毒鸩降临，以至社稷倾覆。
晋王国之干臣，朕之股肱，朕寄望于晋王，挥师而救大明于危难之际，望晋王接诏之时，万速回师，勿负朕望，慎藏此诏，以防不测。”
这份密诏，字里行间无不露出朱由榔的忧虑和恐慌，同时对李定国犹如最后一根稻草般哀求。
李定国接密敕后，大惊失色，言：“陛下竟受此屈辱，万望陛下暂时忍受，吾即刻率军回返！”
李定国当即整军向南，湖广之地仅留维持治安之军，余者尽数开赴昆明。
永历三年，六月二十四日，李定国所部，全军五万八千余人向着云南方向而进，李定国又遣派密使，联络刘文秀，劝其定要护得天子周全。
而在密使离开不久后，马吉翔便密告孙可望，将永历联络李定国之事全盘托出，事情败露，孙可望怒不可遏，一面以朝廷之令命李定国留驻长沙，守卫湖广，一面又以兄长之情义，劝李定国停兵勿进，不要同室操戈，自相残杀。
同时孙可望紧急集合军队，一时间西南战云密布，大军云集，正所谓天下如同戏台一般，你方唱罢我登场，湖广大战刚刚停歇，多铎所预测之南面数月间便会爆发内战的谶语便成为了现实。
而孙可望的怒火自然需要永历朝廷来承担，永历不愿诏令孟浚来昆明之事，已经是驳了孙可望的面子，现在又在秘密串连，联络李定国，想要将自己赶下来，正所谓是可忍孰不可忍，孙可望一动便是血雨腥风。
孙可望派兵将所有朝臣尽数囚于宫中，连番拷打，庞天寿趁机将与自己不合之臣，尽数诬告，言这些人皆有合谋暗害秦王之嫌。
永历三年，六月二十六日，大学士吴贞毓，兵科给事张镌，翰林院检讨蒋圪昌，李开元，大理寺少卿杨钟，太仆寺少卿赵赓禹，光禄寺少卿蔡绩，武安侯郑允元，江西道御史周允吉，御史李颀，福建道御史胡士瑞，司礼太监张福禄，全为国等三十二名大小官吏，尽数被抓。
孙可望以欺君误国，盗宝矫诏之罪，赐吴贞毓自缢，内监张福禄，全为国和怒骂孙可望的张镌三人凌迟处死，其余全部斩首。
临刑前，诸多大臣们大义凛然，跪拜永历帝行宫完毕，写下了绝命诗，从容而死，昆明城人皆惶惶，路上行人步履匆匆，不敢互相言语。
…………
当云南之变传到金陵时，顾炎武不禁感叹道：“孙可望野心勃勃，杀戮朝臣如杀鸡犬，此举可比昔
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